中台佛教學院設有男眾分院與女眾分院，各有「研究所」及「學院部」兩大部門。研究所的學程為三年，前兩年為教理學分，第三年為實習並寫論文，論文通過後取得碩士學位。學院部下設有「高級部」及「大學部」，高級部的學程為三年，大學部的學程為二年，此二部所學為研究所奠定必備的佛學基礎。